摘要：反芻動物消化道的瘤胃是一個很大的發(fā)酵室，里面裝有多種共生微生物，為宿主動物提供了顯著的消化植物木質(zhì)纖維素材料的能力。瘤胃微生物群落的特征提供了改善動物食物消化效率
反芻動物消化道的瘤胃是一個很大的發(fā)酵室，里面裝有多種共生微生物，為宿主動物提供了顯著的消化植物木質(zhì)纖維素材料的能力。瘤胃微生物群落的特征提供了改善動物食物消化效率，減少甲烷排放以及開發(fā)有效的發(fā)酵系統(tǒng)以將植物生物質(zhì)轉(zhuǎn)化為生物燃料的機會。在這項研究中，Javad Gharechahi等人應(yīng)用16S rRNA基因擴增子焦磷酸測序，以探索居住在駱駝瘤胃中的細菌群落的結(jié)構(gòu)。使用76,333條經(jīng)過質(zhì)量檢查，嵌合體和單例過濾的讀數(shù)，在97％的物種水平序列同一性下鑒定出4954個操作分類單位（OTU）。
在門類水平上，超過96％的讀段屬于擬桿菌（51％），硬毛菌（31％），變形桿菌（4.8％），螺旋藻（3.5％），纖維桿菌（3.1％），疣狀微生物（ 2.7％）和Tenericutes（0.95％）。所有動物共有15％的OTU（746）包含所有主要分類單元的代表性序列，它們被視為駱駝瘤胃微生物組的核心候選成員。"駱駝奶招商加盟"通過瘤胃消化液固液部分的微生物組成分析顯示，固液部分中的細菌，梭狀芽孢桿菌，瘤胃球菌和梅毒螺旋體以及液中的細小桿菌，疣狀微生物，藍細菌和琥珀酸弧菌成員的差異富集分數(shù)。"駱駝奶招商加盟"結(jié)果表明，駱駝瘤胃微生物組在結(jié)構(gòu)上與其他反芻動物如牛的相似。駱駝瘤胃微生物組區(qū)別于其他反芻動物的獨特特征是纖維素分解細菌的大量富集。
圖1 對檢測到的OTU數(shù)量的反折射分析，該函數(shù)是從駱駝瘤胃微生物組生成的讀取數(shù)的函數(shù)。（a）反射曲線顯示觀察到的OTU的數(shù)量，每個單獨樣品的讀取計數(shù)都增加。（b）每只動物的反射曲線。
Fig1 Rarefaction analysis of the number of OTUs detected as a function of the number of reads generated from the camel rumen microbiome. (a) Rarefaction curves show the number of observed OTUs with increasing read counts for each individual sample. (b) Rarefaction curves for each individual animal.
圖2 分配給構(gòu)成駱駝瘤胃微生物組的門的序列讀數(shù)的分布和百分比。"駱駝奶招商加盟"瘤胃消化物的液體，固體和整個部分中主要分類單元的發(fā)生率是根據(jù)每個樣品部分中凈讀數(shù)的總數(shù)計算得出的。每個節(jié)點的半徑按對數(shù)比例縮放，以表示分配給分類單元的讀段數(shù)整個數(shù)據(jù)集。
Fig2 The distribution and percentage of sequence reads assigned to phyla constituting the camel rumen microbiome. The prevalence of major taxa in liquid, solid and whole fractions of rumen digesta have been calculated based on the total number of clean reads in each sample fraction.
圖3 在每只動物中分配給構(gòu)成核心駱駝瘤胃微生物組的分類單元（屬水平）的總序列讀數(shù)的分布和百分比。"駱駝奶招商加盟"Fig3 The distribution and percentage of total sequence reads assigned to taxa (at the genus level) constituting the core camel rumen microbiome in each individual animal.
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